猪圆环病毒2型和3型混合感染与遗传进化分析

为了解临床猪圆环病毒混合感染及其遗传进化情况,利用PCV寻找更多检测试剂盒对10份疑似感染PCV的患病猪的病料进行检测,并对阳性样品进行全基因组克隆与测序分析。结果显示:10份样品中,PCV1均为阴性,PCV2阳性率为90%,PCV3阳性率为30%,PCV2与PCV3混合感染率为30%。全基因组遗传进化结果显示:9株PCV2毒株全序列间的核苷酸同源性为94.5%—100.0%,此网站分属PCV2a、PCV2b、PCV2d和PCV2e基因型,其中PCV2d为优势基因型,占比达Infection types55.56%。3株PCV3毒株全序列之间核苷酸同源性为99.2%—99.8%。对Cap蛋白氨基酸序列分析发现,PCV3毒株与PCV2毒株的亲缘性较远,氨基酸同源性仅为43.9%—45.1%。PCV3毒株的Cap蛋白抗原指数与参考菌株间差异较小,5株PCV2d毒株的Cap蛋白抗原指数较疫苗株有明显差异。综上,在临床PCV2患病猪中PCV2d为优势基因型,且存在一定比例的PCV2与PCV3混合感染现象。