本研究利用转录组和代谢组学技术探究了翠绿色和粉红色藜麦（Chenopodium quinoa Willd.）叶片中花青素的合成机制，分析了不同时期不同品种之间的差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）及差异代谢物（Differential accumulated metabolites,DAMs）。通过对藜麦叶片的DEGs进行分析发现:与花青素生物合成密切相的DEGs有11个分别为4CL、C3’H、HCT、CHS、CHI、ANR、CYP75B1、UGT79B1、FG3、FG2、CYP73A；转录因子有4个分别为：MYC2、BHLH14、HY5和TGA。GO富集分析结果表明有7条GO Terms(GO:0009812（类黄酮代谢过程，flavonoid metabolic process）、GO:0010468（基因表达调控，regulation of gene expression）、GO:0051553（黄酮生物合成过程，flavone biosynthetic process）、GO:0009813（类黄酮生物合成过程，flavonoid biosynthetic process）、GO:0009411（应对紫外线，response to UV）、GO:0043169（阳离子绑定，cation binding）和GO:00selleckchem PLX339716703（氧化还原酶活动，oxidoreductase activity）)与花青素生物合成密切相关；KEGG富集分析发现6条（苯丙氨酸代谢（Phenylalanine metabolism,ko00360）、苯丙素的生物合成（Phenylpropanoid biosynthesis,ko00940）、类黄酮生物合成（Flavonoid biosynthesis,ko00941）、植物激素信号转导（Plant hormone signal transduction,ko04075）、黄酮和黄酮醇生物合成（FlavMicrolagae biorefineryone andflavonolbiosynthesis,ko00944）和昼夜节律-植物（Circadianrhythm-plant,ko047selleckchem INCB2806012））与花青素生物合成显著相关的代谢途径。代谢组学分析确定了矢车菊素3-O-3″,6″-O-二丙二基葡萄糖苷（Cyanidin 3-O-3″,6″-O-dimalonylglucoside）和柚皮素（Naringenin）可能是粉红色藜麦叶片形成的关键DAMs；转录组-代谢组学联合分析表明类黄酮生物合成和花青素生物合成途径是藜麦叶片中花青素生物合成的主要富集途径；通过qRTPCR对10个DEGs进行验证，结果表明qRT-PCR的验证结果与转录组测序结果一致。