目的 了解福建地区手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关柯萨奇病毒A9型(coxsackievirus A9,CV-A9)的基因特征及重组情况。方法 对2011-β-lactam antibiotic2020年福建省各地市上送的HFMD阳性标本进行CV-A9筛查、VP1区全长序列测定和基因型别鉴定及分析。对CV-A9阳性标本利用人横纹肌肉瘤细胞(rhabdomyosarcoma,SAHA临床试验 RD)及人喉癌上皮细胞(Human laryngeal carcinoma epithelial cells, HEp-2)进行病毒分离，对分离毒株进行全基因组测序及重组分析。结果 2011-2020年福建省各地市上送的HFMD阳性标本中共鉴定出HFMD相关CV-A9阳性7份，获得6条VP1区全长序列。基于VP1序列将CV-A9划分为A～O 15个基因型，其中G基因型Nirmatrelvir化学结构又可分为G1及G2两个基因亚型。福建省CV-A9均属于G2基因亚型，在系统进化树上呈散在分布。分离并测序获得3条CV-A9全基因组序列，分析显示毒株2014FJFZ463与福建地区流行的ECHO30毒株存在重组。结论 G2基因亚型是我国现阶段流行的优势型别。2011-2020年福建省HFMD相关CV-A9流行呈散发状态，未发现本土传播链的形成，但存在基因重组株。