鳗鲡目(Anguilliformes)在分类学上隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、辐鳍亚纲(Actinopterygii)、鳗鲡总目(Anguillomorpha),该类群的鱼类繁多、形态多样,除地球两极和近两极寒冷海域,在大西洋、印度洋、太平洋等均有分布,有一些种类可以进入淡水。本研究以东海部分鳗鲡目鱼类为研究对象,采用传统形态学方法对9种鳗鲡目鱼类的形态特征进行描述和测量,并使用DNA条形码技术对该类群鱼类进行了比较和分析鉴定,计算属内种间、科内属间和目内科间的平均遗传距离,探讨了这些鱼类间的系统发育关系。在此基础上,基于Illumina双末端测序平台,采用小片段文库的低深度测序技术,获得了东海蛇鳗科代表性物种之一——艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)基因组Survey信息并分析该鱼类基因组微卫星的组成和分布,通过组装的方法得到该鱼类线粒体基因组的全序列。对其结构和特征进行了分析,研究结果为今后制定该物种的全基因组De novo测序策略提供了有效依据,也为鳗鲡目鱼类的分类鉴定和起源演化研究提供了分子证据,对今后进一步开展该类群渔业资源的保护和开发利用提供参考资料。具体研究内容如下:1、东海部分鳗鲡目鱼类的形态特征和DNA条形码研究本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelysparvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目鱼类,采用传统形态学方法,对鳗鲡目鱼类的14个形态学指标进行测量并对其主要形态特征进行描述。采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列,结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列,分析比较了序列组成和差异,并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群,基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科1 1属14种鱼类的系统发育树,探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型,4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G),平均 A+T 含量(53.2%)高于 G+C 含量(46.8%),表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.2188,不同属间的平均遗传距离为0.2250,不同科间的平均遗传距离为0.2327,分类阶元越高,遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支,并得到有效的区分,而其他类群存在混杂现象。以上结果表明,由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定,该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。2、艾氏蛇鳗全基因组Survey及遗传特征分析艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)是分布于我国东海、南海以及日本南部近岸海域的一种蛇鳗科代表性鱼类,常栖息于沿岸浅水泥底质海区。本研究首次基于Illumina测序平台对艾氏蛇鳗进行基因组调研分析,利用De novo组装和K-mer分析获得了大小约1.97Gb的艾氏蛇鳗基因组草图,该鱼类基因组杂合度为0.70%、重复序列比例为43.30%,没有明Respiratory co-detection infections显的核苷酸偏倚现象。从艾氏蛇鳗基因组中预测到9,016个编码基因,其中GO分析鉴定到3,587个Unigenes,KOG分析获得4,375个Unigenes。使用MISA软件从艾氏蛇鳗基因组中鉴定出2,812,813个微卫星位点,出现频率为23.32%。其中,最丰富的微卫星重复类型是二核苷酸重复基元,占总重复类型的49.19%。使用NOVOPlasty软件组装得到长度为17,759bp的艾氏蛇鳗线粒体基因组全序列是由12个蛋白质编码基因串联而成的序列构建而成的。贝叶斯(Bayesian Inference,BI)系统进化树,拓扑结构显示蛇鳗科鱼类物种间存在复杂的亲缘关系,表明该家族具有多系起源。3、艾氏蛇鳗线粒体基因组全序列结构及系统发育分析蛇鳗科(Ophichthidae)鱼类是广泛分布于热带、亚热带近岸海域形似蛇状的底层鱼类,喜穴居于泥沙底质或珊瑚礁中。作为鳗鲡目中种类分化最多的一个科,目前对该类群鱼类的分子遗传学研究十分有限。本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗线粒体基因组的全序列CP-456773抑制剂,对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长 17,759 bp,碱基组成分别为A(31.27%)、G(16.19%)、(C(26.22%)和T(26.32%),其中A+T含量(57.59%)大于selleckchem GDC-0068G+C含量(42.41%),呈现出明显的AT偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了 tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的 D-loop 区。tRNA-Gln(Q)、tRNA-Ala(A)、tRNA-Asn(N)、tRNACys(C)、tRNA-Tyr(Y)、tRNA-SerUCA(S1)、tRNAGlu(E)和 tRNA-Pro(P)和 ND6 9 个基因位于轻链,其余基因均位于重链。除tRNA-Ser(AGC)外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因(ND6基因除外)构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)和食蟹豆齿蛇鳗(Pisodonophis cancrivorus)亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科中较晚分化出的类群。